随着李春芳的去任，高拱接替李春芳成为首辅，朝廷上之前的喧嚷一下子沉寂下来了。大家都很清楚，李春芳是个相对忠厚的，之前朱载坖要处置言官，李春芳很多时候都是竭力劝阻的。
但是高拱对言官素无好感，现在高拱担任首辅，恐怕不会像之前李春芳这样了。
而朱载坖更在思考内阁的人选问题，现在内阁成员是首辅高拱、阁臣郭朴、陈以勤、张居正、殷士儋、吕调阳，陈以勤借修书为名躲到一边去了，吕调阳是个圆滑的性格，再加上他是新入阁的阁臣，本来就没什么存在感，现在在内阁中就是个透明。
高拱、郭朴一向关系很好，自不待言，这样一来殷士儋就显得格格不入了，朱载坖正在考虑，将殷士儋和张居正对调，让张居正回到京师来，协助高拱推行改革。
但是朱载坖还没能够做出决定，高拱上任内阁首辅的第一份奏疏就引起了轩然大波。
高拱向朱载坖上疏称：事必议处停当，乃可以有济而服下之心，若不经议处，必有差错。国朝设内阁之官，看详章奏拟旨，盖所以议处也。今后伏望皇上将一应章奏，俱发内阁看详，拟票上进，若不当上意，仍发内阁再详拟上。若或有未经发拟，自内批者，容臣等执奏明白，方可施行，庶事得停当，而亦可免假借之弊。
高拱要求将内阁的票拟权加以制度化，将一切下奏章交付内阁，由内阁定夺，也就是票拟，然后提交给皇帝，皇帝不满意，再下内阁，但不管怎么样，皇帝的意见不经过内阁票拟的结果是非法的。
不得不，高拱的第一炮打的朱载坖确实很被动，一方面朱载坖很清楚，他要推行改革，确实需要内阁的帮助，没有内阁的帮助，朱载坖是很难推动改革的，但是若是如高拱所言，内阁的权势就太大了，朱载坖必须保留中旨的权力。
于是朱载坖召见高拱，当即表明了自己的担忧，高拱的建议可以将内阁的票拟予以制度化，但是一旦如此，一旦出现强势的阁臣，就怕出现强臣弱主的局面。
高拱则向朱载坖解释了自己的想法，高拱之所以向朱载坖请求将一切奏疏先下内阁拟票之后由皇帝批红，杜绝直接批红或者中旨，主要是为了防备司礼监。
高拱对朱载坖道：“陛下，本朝设立内阁，处以文学之臣，凡百章奏，先行票拟。今使内阁虚代言之职，中贵肆专擅之奸，关系匪轻，风不可涨。”
朱载坖明白高拱的意思，高拱在向朱载坖要权，高拱确实有大刀阔斧推动改革的魄力和想法，但是高拱需要权力才能推行他心中的各种政策，若是如高拱的奏请，内阁就会获得有限度的决策权，这是朱载坖要现在要思考的问题，虽然他对高拱等饶忠诚从不怀疑，但是后来的辅臣是否也是这么忠诚呢？
朱载坖不能保证，所以对于高拱的这个建议，朱载坖内心还是有些抵触的。
见朱载坖有些犹豫，高拱道：“陛下，若再有英庙、王振之故事，如之奈何？”
朱载坖当然明白高拱的意思，在内阁和司礼监的斗争中，内阁往往是处于劣势的，因为司礼监掌握着批红的权力，也就是决策权力，对于内阁来，是很难在和司礼监的斗争中取得上风的，而一旦按照高拱的建议施行的话，内阁就可以在和司礼监的斗争中取得主动。
朱载坖思考了一下之后，对高拱道：“高师傅，国朝定例，内阁拟票、司礼监批红，本来高师傅的上疏，朕自无不可，然中旨亦朕之意，如边关军务、亲军调动，皆机密之事，岂可为外人所知？此不可一概而论者。”
朱载坖认为，有通政司进奏的章疏，除了留中不发的之外，其余都全部通过内阁发转六科，这个朱载坖可以答应，但是御批奏疏的权力必须保留，皇帝有权力不经内阁拟票直接御批奏疏，但是内阁也可以行使封驳权，这样的话，也算部分答应了高拱的要求，就是日后所有的奏疏还是会从内阁过一遍的，这是为了平衡内阁和司礼监的权力，但是不能因为平衡内阁和司礼监，来限制朱载坖的权力。
朱载坖完了此事，就到了张居正的身上，朱载坖道：“高师傅，张阁老在南京也已经有数年了，眼下内阁调整，张阁老要不要动动。”
朱载坖这里涉及了两个问题，就是张居正要不要回京，如果张居正回京的话，谁去南京，或者还派不派督师。
对于这个问题，朱载坖有明确的看法，无论是否调张居正回来，督师南京都必须保留，以内阁大学士督师南京，是朝廷加强对于东南控制的重要手段，这是不能动摇的。
高拱认为，张居正在南京任上，确实是建树颇多，南直隶、浙江等处的清丈田亩、赋役改革等，都干的非常之漂亮，现在正是大举推动改革的时候，张居正再留在南京，就有些不合时宜了。
高拱建议将张居正调回京师，由殷士儋出镇南京。朱载坖当然知道高拱的意思，这样一来的话，在内阁中就没有明确和高拱唱反调的人了，郭朴是高拱的政治盟友，张居正在很大程度上和高拱的政治主张相近，陈以勤去修书了，吕调阳根本不能对高拱造成什么威胁，这样的内阁正好适合高拱大展拳脚。
朱载坖于是同意了高拱的意见，下旨日后内外章疏，不管是拟票批红之后还是直接御批之后，都要经过内阁再发转六科，其二就是原武英殿大学士张居正回京办事，文华殿大学士，少师兼太子太师、礼部尚书殷士儋督师南京，仍兼南京兵部尚书参赞机务，节制浙直闽广等处水陆军务事兼督理粮储，假节钺如故。
随后朱载坖下令，正式在内阁实施分票制，要求首辅高拱拟定分票方案。
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