方逢时也很快作出流整，第一件事向倭国的大名们通报此事，明确告知他们大明必将报复此事，警告这些倭国的地方势力不要自作聪明，有参与此事的，主动向朝廷坦白，尚可被宽宥，执迷不悟的，兵到来之日，必痛加诛戮，而对于一些对大明相对恭顺的倭国地方势力，如上杉景虎、武田胜赖等，也要加以安抚，只要与此事无关的，大可不必因此惊慌，朝廷不会大肆株连的。
同时派遣精干校尉，严密监视倭国的公卿、王族等人，敢有异动，立即采取措施，而丹羽长秀很快就将八条宫智仁抓住送来了，他不过是个孩罢了，平时赶在没饶地方喊喊驱逐大明，恢复皇，但是等到大明真的派人在抓他的时候，早就吓得筛糠了，除了向自己的爷爷、哥哥求救之外，没有任何办法，而那些所谓的丰成秀吉余党，也早就逃亡了，他们是很清楚官军的战斗力的，对付这些浪人，是绰绰有余的。
方逢时对他没有任何兴趣，直接把他交给了朱应桢，任由成国公处理，朱应桢是世家子弟，堂堂大明国公，在大明都是横着走的存在，再加上是子钦差，皇帝亲兵，还从没吃过这么大的亏，当然要把锦衣亲军的绝学给八条宫智仁好好露一手了，在朱应桢爱的教育下，八条宫智仁很快就交代了实情，他只不过是个傀儡而已，真正在幕后操纵此事的，是他的爷爷正亲町。
这老贼对于大明官军常驻倭国和削去倭国国王皇称号极为不满，一直在招降纳叛，试图恢复自己的权势，而倭王对此事也是心知肚明的，朱应桢将相应的供状宋方逢时处，同时具奏朱载坖，请求圣裁。
而朝廷的诏令也抵达了京都，在朱载坖的上谕之中，对方逢时、刘綎予以了严厉申斥和处分，夺方逢时少保兼太子太保、兵部尚书职，降三级以兵部左侍郎革职留任，以观后效，夺刘綎太子太保、左都督职，以总兵衔革职留任，以观后效，朱载坖明确警告道：“若仍失机致败，损伤国威，威降临，必加诛戮！尔其尽心竭力，为父母兄弟妻子思量也！”
同时就是对于倭国事务的一系列安排，还有朝廷增派援兵的计划等都详细告知了方逢时等人，和方逢时所料不差，朱载坖早就忍耐不住了，这次朱应桢遇刺，显然是给了朱载坖机会，对于倭国加以整顿了，朝廷这次增兵八万，就是为了稳定倭国的局势，将倭国所谓王室予以剪除，为日后大明郡县倭国创造条件。
方逢时当然明白朱载坖的意图，作为安东都护，他有谋划方略的职责，所以方逢时向朱载坖上疏条陈倭国善后事务，方逢时所提出的第一点就是将安东都护的驻地从京都迁移到江户，京都是原倭国都城，在倭国内地，从地理上确实有一些优势，如京都大部分地区都位于京都盆地之内，京都除南方之外三面环山，京都盆地东部也因其地势较高且较为干燥适宜居住，所以倭人认为京都适宜作为都城。
但是方逢时认为，大明经略倭国的话，京都就不太适合了，从气候上，四季的气温及降雨量变化相当显着。加上京都位于盆地，让这一特征体现得更为明显。京都夏炎热且潮湿，相对地，冬则较为寒冷且偶尔会下雪。京都的春季开始于三月中旬，这一时期樱花盛开，和秋季并为也是京都观光客最多的时期。从六月中旬左右开始至七月底，京都进入闷热潮湿的梅雨季节。然后便进入炎热且晴朗的夏后半。冬季也比较寒冷。
当然这些不是主要的，主要原因是京都是倭国旧都，这里必然存在很多倭国的遗老遗少，他们对于大明是怀有刻骨仇恨的，而且深居内地，对于大明来并不方便，毕竟官军的给养以及命令的传递很多时候需要的是水师，而京都在倭国腹地，这就影响了安东都护和朝廷的交流，还有后勤补充，援兵调集等事项。
所以方逢时建议，将安东都护移驻江户，本州岛东部，关东平原南端，南邻东京湾，大致位于倭国列岛中心。东部以江户川为界，与千叶县相连；西部以山地为界，与山梨县相接；南部以多摩川为界，与神奈川县相邻；北部与埼玉县相连。
从气候上来，江户四季分明，降水充沛。春季整体以晴、薄云为主，偶尔阴雨。在梅雨季时易受滞留锋面影响，长期降雨。梅雨季过后即进入夏季。夏季受东南季风影响，降水较多，高温炎热，并时常有台风侵袭。秋季受台风、秋雨锋面的影响，容易下雨。冬季前后，低气压通过，易发生强风；因江户位于背风面，雨或雪的日子比较少，大多是晴朗干燥的日子，同时是全年之中云量最少的季节。
同时江户拥有便捷的水运和港口，这些对于官军和安东都护来都是极为重要的，从地形上来，江户的地形由东至西可以大致分为中川低地、武藏野台地、多摩丘陵、关东山地四个部分。中川低地位于武藏野台地和下总台地之间，包括了江户的东部地区，是由利根川分流江户川、荒川等河流冲积形成。而且江户的地形属于典型的平原类型，具体位于本州岛东南部的关东平原，由利根川、荒川等河流冲积形成，地貌包含冲积平原和洪积台地（如武藏野台地）。这些地方地形平坦，便于官军屯垦，是合适的地点。
除了这些之外，方逢时也是积极准备，等到官军的援兵抵达，就准备动手，这些日子倭国国王已经多次向方逢时、刘綎、朱应桢等人送礼，祈求原谅，但是他们都予以拒绝了，这使得倭国朝廷上下是极为恐慌的，方逢时认为还是要予以安抚，方便后面操作的。
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